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【医学与健康科技创新工程进展快报第90期】

【快报第90期】系统所吴爱平课题组开发计算工具CoroAnnoter 解析冠状病毒附属蛋白的组成进化模式

2020年10月30号,js06金沙所有网址js系统医学研究中心苏州系统医学研究所吴爱平课题组在Briefings in Bioinformatics发表了“Compositional diversity and evolutionary pattern of coronavirus accessory proteins”论文。该研究开发了一个半自动的冠状病毒基因组组成注释工具CoroAnnoter,系统解析了所有冠状病毒附属蛋白的多样性组成和进化模式。

新冠病毒(SARS-CoV-2)是继SARS病毒(SARS-CoV)和MERS病毒(MERS-CoV)后第三种导致人类严重疾病的冠状病毒。如此多样的致病性冠状病毒的出现,也提醒人们有必要去系统探索冠状病毒群体的基因多样性组成,特别是毒株间差异显著的附属蛋白的组成图谱和分子进化关系。本研究开发了一个半自动的冠状病毒注释工具CoroAnnoter,并应用于39种冠状病毒代表株的基因组结构注释。研究表明,不同类型冠状病毒毒株的附属蛋白个数差别巨大,介于1-10个之间,其中SARS-CoV-2和SARS-CoV具有最多的附属蛋白,分别为9个和10个。附属蛋白在冠状病毒的四个属(α、β、γ和δ)中具有显著的属内保守性和属间多样性。本研究不仅提供了一个冠状病毒基因组标准化注释工具,还为冠状病毒附属蛋白的组成和进化研究提供了一个综合参考图谱,为冠状病毒的功能多样性研究提供了有效支持。


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图:冠状病毒附属蛋白组成图谱


本研究工作得到js06金沙所有网址js医学与健康科技创新工程(2016-I2M-1-005),国家重点研发计划(2016YFD0500301),国家自然科学基金(31900472)等项目的资助。苏州系统医学研究所吴爱平研究员为论文通讯作者,商敬哲博士为论文的第一作者。


论文链接:https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbaa262/5943788


文字|系统所


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